مرکز جندی شاپور کهن، دوره ای تاریخی را در دوره ی ساسانیان و دوره ای را در پس از ورود اسلام به ایران در تاریخ خود دارد. ایجاد پژوهشکده ی جندی شاپور مستلزم ارتباط روحی و جسمی با جندی شاپور کهن است. از این رو ترکیبی از بتن و آجر، قوس های ساسانی و کمینه گرایی اسلامی در جهت ارتباط با تاریخ استفاده شده است. بنا مطابق با اقلیم دزفول، سعی شده با استفاد از فضاهای باز و نیمه باز، تهویه ی مطبوع و فرورفتن در دل زمین راهکارهای اقلیمی ارائه کند.