دو کتاب تاریخ جنون و پیدایش کلینیک [ کتاب تولد پزشکی بالینی که در ایران با این نام منتشر شده است ] از جهات بسیاری با هم مشابهت دارند. هر دو در این ایده مرکزی که دانش پزشکی چه اهمیتی دارد مشترک هستند. ایده اصلی فوکو این بود که دانش پزشکی نقش مهمی در شکل گیری دانش انسان دارد. دانشی که انسان مورد مطالعه قرار می گیرد.
در تاریخ جنون، فوکو روند شکل گیری تیمارستان را بیان می کند و این کار با شرح جزییات انجام می دهد. او توضیح می دهد که بیماری جذام به یمن قرنطینه از اروپا رخت بربست، اما این قرنطینه ها جایی شدند برای نگهداری گروه های حاشیه ای جامعه . هدف از نگهداری این گروه ها آن بود که با کارکردن به متن جامعه برگردند و راه تعالی را بپیمایند. اما در میان این گروه های حاشیه ای ( بینوایان، کاهلان، روسپیان) مجنونین نمی توانستند با حرکت جمعی سازگار شوند. بنابراین، در حالی که قبلا مجنونین گروه مشخص و متمایزی نبودند و در بخش های مختلف جامعه حضور داشتند، در این لحظه تاریخی به گروه متمایز بدل و در جایی جداگانه حبس شدند.
هراس عمومی از وضعیت بد و غیربهداشتی سکونت گاه مجنونین، راه را بر این باز کرد که جنون و بیماری در کنار هم گذاشته شوند. از اینجا به بعد رویکرد به مجنونین تغییر کرد. اگر قبلا آن ها را به زنجیر می کشیدند، اکنون آنها مورد مطالعه قرار می دادند.
به نظر فوکو، هدف از رویکرد تازه این بود که در مجنونین ارزشهای اخلاقی و قواعد رفتاری معینی، درونی سازی و تقویت شود. این رویکرد منجر به آن شد که رابطه پزشک و مجنون بدل به رابطه مطالعه گر و موضوع مطالعه شود. حالا روان پزشک می توانست از موقعیت برتر عقل، مجنون را مورد بررسی قرار دهد و قضاوت کند. فوکو همچنین به موقعیت نهادی تیمارستان توجه دارد.
اتفاق مشابهی در تولد بیمارستان روی می دهد . پزشکان ابتدا به بیماری توجه داشتند، اما همراه با تحولات نهادی در شکل گیری بیمارستان و همچنین پیشرفت هایی در علم کالبدشناسی به بدن بیمار توجه کردند. ایده فوکو این است که گفتمان پزشکی راه را برای شکل گیری علم انسان باز کرد. به این ترتیب که بدن فرد را موضوع معاینه و تحلیل علمی قرار داد. در بطن این گفتمان پزشکی است که انسان برای اولین بار موضوع دانش می شود و درکی از انسان به عنوان سوژه و ابژه معرفت به وجود می آید.
دراین روایت که کلیت اش را بیان کردیم، فوکو دقایق بسیاری را مطرح میکند. به عنوان مثال او نشان می دهد، هم در روان پزشکی و هم در پزشکی، اولین رابطه پزشک و بیمار براساس مشاهده است. روان پزشک رفتار دیوانه را زیرنظر می گیرد و پزشک به دیدن علائم بیماری بسنده میکند. اما در طول زمان، تکنیک های این دو، پیشرفت میکند. پزشک به یمن علم کالبدشکافی به درون بیمار می رود و روان پزشکی با تکنیک های فروید زیر سوال می رود و پزشک با تکنیک های اقرار و اعتراف به درون ذهن ابژه خود می رود.
اما مشابهت دیگری که میان تاریخ جنون و تولد پزشکی بالینی وجود دارد، این است که درهر دو، روایت سنتی از "پیشرفت" زیر سوال میرود. این دیگر روش فوکو در بررسی تاریخی است که نشان می دهد روند تکاملی در شکل گیری بیمارستان یا تیمارستان وجود نداشته است. به طور مثال فوکو نشان می دهد که نهادهایی که در نهایت بدل به تیمارستان شدند ابتدا خصلت بهداشتی داشتند، بعدا خصلتی مجازات گونه پیدا کردند و بعد دوباره خصلتی بهداشتی و درمانی یافتند.
این مشابهت ها البته نافی تفاوت های این دو اثر نیست، از جمله به لحاظ روشی، بسیاری معتقدند کتاب تولد پزشکی بالینی اثری است بسیار مهلم از متد ساختارگرایانه در حالی که روش تاریخ جنون کمی ملهم از هرمنوتیک است.